アルトはプロトレーナーを目指すようです ジョウト地方を舞台に、記憶を失った少年・黒鉄アルトの物語が始まります。崖下で瀕死のところを助けられたアルトは、読子の家に居候しながら、夢に見た「プロポケモントレーナー」になる決意を固めます。
妖怪の少女・魂魄妖夢を相棒に迎えたアルトは、読子の口利きでワカバタウンの研究所を訪ね、そこで出会った少年セネリオとの初バトルを経験します。旅の途中では、住処を追われて暴れていた野生ポケモン・雪音クリスと出会い、三体目の仲間として迎え入れます。
失われた記憶にまつわる小さな違和感を抱えたまま、アルトの新たな一歩が動き出します。
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