舞台は一見平凡な現代日本ですが、その裏ではおよそ60年前から、
地球を狙う侵略者と戦うための対侵略者兵器として「魔法少女」が作られてきました。
魔法少女は変身すれば不老不死になる代わり、
人間を食べてエネルギーを補給しなければ動けなくなる過酷な宿命を背負っています。
やる夫は病弱な妹やる実と両親との四人暮らしを送る、ごく平凡な高校生でした。
しかしある日下校中に人食いを行う魔法少女に襲われ、
妹やる実が正体を隠して戦う魔法少女だったと知ります。
妹を救うため謎の存在から力を授かったやる夫は、男性でありながら自らも魔法少女になり、
しかも常時変身が解けない体になってしまいます。
人食いをしない仲間のナルメアとともに、
人食いを続ける魔法少女・鈴原るるとの交渉や共闘に踏み出しながら、
やる夫は妹や仲間を犠牲にせず生き延びる道を模索していきます。