舞台はポケモンの世界のパルデア地方です。
主人公アストルフォは、古い時代のヒスイ地方で数々の試練を乗り越えた少年でした。
創造神アルセウスの手違いにより、帰るはずだったイッシュ地方ではなく、
現代のパルデアへ送り込まれてしまいます。
相棒のジャローダと、絶滅したはずのポケモン・バサギリを連れたアストルフォは、
通りすがりの人物に偽造の戸籍を用意してもらいアカデミーへ入学します。
絶滅ポケモンの出現に歴史教師レホールは興奮を抑えられず、生徒会長ネモとは急速に仲を深め、
テラスタルの知識と早業などの戦闘技術を教え合う間柄になります。
暴れる四体のポケモンを次々と鎮めたことで一躍有名になり、
その調査のためにエーテル財団代表ルザミーネまで動き出します。
校内にはヒスイの英雄伝説に詳しいチャンピオンのシロナも姿を見せ、
「トップ」と呼ばれるオモダカさんに世話を焼かれながら騒動を広げていく、
安価形式で進むコメディ色の強い作品です。