舞台は2004年の冬木です。
カルデアの新人マスター藤丸立香が、人理修復のためサーヴァントを召喚したところ、
現れたのはアーサー王伝説でブリテンを滅びに導いたとされる魔女モルガンでした。
想定外の出会いから、FGO第2部第6章までの設定を踏まえた物語が幕を開けます。
人理に手を貸すと誓ったモルガンは藤丸のサーヴァントとなり、
盾の少女マシュや所長オルガマリーとともに冬木の特異点調査へ乗り出します。
橋の上での不意打ちを退け、聖杯を巡る黒き騎士王セイバーとの決戦を経て、
謎の敵レフの介入によりオルガマリーの運命も大きく揺れ動きます。
サーヴァントの性別や能力はあんこ判定で決まり、戦闘の行方もダイスに委ねられる形式です。
冬木の特異点はやがて決着し、一行は次なる舞台オルレアンへと歩みを進めていきます。